[开源] Paper Search CLI：基于 Paper-Search MCP 重构成 CLI + Skill 的多来源论文检索工具

本帖使用社区开源推广，符合推广要求。我申明并遵循社区要求的以下内容：

• 我的帖子已经打上 开源推广 标签： 是
• 我的开源项目完整开源，无未开源部分： 是
• 我的开源项目已链接认可 LINUX DO 社区： 是
• 我帖子内的项目介绍，AI生成、润色内容部分已截图发出： 是
• 以上选择我承诺是永久有效的，接受社区和佬友监督： 是

以下为项目介绍正文内容，AI生成、润色内容已使用截图方式发出

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Paper Search CLI

一个面向 agent 和终端使用的多来源论文检索 CLI。

github.com

GitHub - dr-dumpling/paper-search-cli: Agent-friendly CLI for academic paper search based...

Agent-friendly CLI for academic paper search based on Paper Search MCP

为什么做这个

之前一直在用 Paper-Search-mcp-nodejs 论文检索 MCP。功能本身很完整，在没有接触到cc-switch之前，在多个Ai中切换过程后的MCP都需要单独配置，维护起来比较麻烦，前几天刷到站内佬友的建议，未来的主流可能会逐渐转变为CLI + Skill，所以我将原来佬友的项目，加上参考原始作者的来源项目，重新Vibe成了Cli + Skill：

架构思路主要受站内佬友这篇启发：https://linux.do/t/topic/2076559

功能来源主要参考这两个项目：

github.com

GitHub - Dianel555/paper-search-mcp-nodejs: A Node.js implementation of the Model Context...

A Node.js implementation of the Model Context Protocol (MCP) server for searching and downloading academic papers from multiple sources, including **Web of Science**, arXiv, and more.

github.com

GitHub - openags/paper-search-mcp: MCP, CLI, Skills for searching and downloading...

MCP, CLI, Skills for searching and downloading academic papers from multiple sources like arXiv, PubMed, bioRxiv, etc.

核心特性

• 20 个学术来源 / 平台：覆盖 Crossref、OpenAlex、PubMed、PMC、Europe PMC、arXiv、bioRxiv、medRxiv、Semantic Scholar、CORE、OpenAIRE、Web of Science、Google Scholar、IACR ePrint、Sci-Hub、ScienceDirect、Springer Nature、Wiley、Scopus、Unpaywall。
• 单一命令入口：安装后通过 paper-search 调用，适合终端、脚本和 agent。
• JSON-first 输出：stdout 默认输出结构化 JSON，stderr 保留给人类可读日志和错误；--pretty 只是缩进格式化，不是传统表格 UI。
• 统一论文数据模型：尽量标准化标题、作者、DOI、来源、日期、摘要、PDF 链接、引用数和平台扩展字段。
• 多源检索与去重：可以用 --sources crossref,openalex,pmc 指定来源，也可以用 platform=all 尝试所有已注册检索来源。
• Semantic Scholar 正文片段检索：search_semantic_snippets 可以检索 Semantic Scholar Open Access snippet 索引中的正文片段，适合查找论文里的细节，对于撰写方法学时很合适。
• 开放获取优先下载链：download_with_fallback 会优先尝试原生下载、PDF URL、PMC / Europe PMC / CORE / OpenAIRE、Unpaywall DOI 解析。
• 适合 agent 调用：tools、status、search、download、run 覆盖简单检索和精确工具调用。

技术路线

这个项目走的是 CLI + Skill 路线。

Skill 负责告诉 agent：什么时候该用 paper-search、该选哪个平台、什么时候查 DOI、什么时候查正文片段、什么时候下载 PDF。

CLI 负责执行：检索、去重、下载、诊断、输出 JSON。

整体链路是如下：

flowchart LR
    A["用户问题 / agent 任务"] --> B["paper-search Skill"]
    B --> C["paper-search CLI"]
    C --> D["来源选择 / 多源调度"]
    D --> E["Crossref / OpenAlex / PubMed / arXiv"]
    D --> F["Semantic Scholar / snippets"]
    D --> G["PMC / Europe PMC / CORE / OpenAIRE"]
    D --> H["WoS / Scopus / ScienceDirect / Springer 等 key 平台"]
    C --> I["统一论文数据模型"]
    I --> J["JSON 输出"]
    J --> K["agent / 脚本 / 终端继续处理"]

由设置的参数或 platform=all 决定要调用哪些来源，还没办法实现自动选择，我在考虑后续要不要加入根据任务选择自动选择哪种来源进行检索。

支持平台

平台 搜索 下载 全文 被引统计 API Key 特色功能 Crossref 默认搜索平台，广泛元数据覆盖 OpenAlex 条件支持 广泛免费元数据；记录含开放链接时可用于回退下载 arXiv 物理、计算机、数学等预印本 Web of Science 必需 引文数据库、日期排序、年份范围 PubMed 可选 NCBI E-utilities 生物医学文献 PubMed Central 生物医学开放全文和 PMC PDF Europe PMC 生物医学元数据和开放全文链接 Google Scholar 广泛学术发现，基于页面解析 bioRxiv 生物学预印本 medRxiv 医学预印本 Semantic Scholar 正文片段 可选* AI 语义检索 + OA 正文片段 CORE 条件支持 条件支持 可选 记录含 PDF 或全文链接时可下载 OpenAIRE 条件支持 可选 记录含开放链接时可用于回退下载 Unpaywall 条件支持 条件支持 必需 仅支持 DOI 查询；需要 email；发现 OA PDF 时可下载 IACR ePrint 密码学论文 Sci-Hub 基于 DOI 查询和下载 ScienceDirect 必需 Elsevier 元数据和摘要 Springer Nature 条件支持 必需 开放获取记录可下载；元数据 API 需要 key Wiley 关键词搜索 必需 TDM API，仅支持 DOI 下载 PDF Scopus 必需 摘要和引文数据库

说明：🟡 条件支持 表示只在满足条件时可用，例如记录里含 PDF / 开放获取链接、只能按 DOI 查询，或只能下载开放获取记录。🟡 可选* 对 Semantic Scholar 的含义是：普通检索可选；正文片段检索需要 SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY。

常用命令

CLI 的输出设计是 agent-friendly，优先面向 AI、agent 和脚本解析。默认输出结构化 JSON。

安装：

npm install -g paper-search-cli
paper-search setup

搜索论文：可以同时多个来源进行检索

paper-search search "machine learning applications" --platform all --max-results 5 --pretty

--platform=all 会尝试所有已注册检索来源，但不包含 Wiley 这类只支持 DOI 下载、不能关键词搜索的平台。未配置 key、超时或请求失败的来源会写入 failed_sources / errors，其他来源继续返回。

paper-search search "machine learning applications" \
  --sources crossref,openalex,pubmed,pmc,europepmc \
  --max-results 5 \
  --pretty

--sources 用于手动指定多个来源。手动包含了没配置 key 或请求失败的来源时，CLI 会把失败写进 failed_sources / errors，同时继续返回其他来源的结果。

常用来源单独检索： 这里只列几个常用入口，完整平台和命令可以看 GitHub 上面。

# Crossref：默认元数据来源
paper-search search "machine learning applications" --platform crossref --max-results 5 --pretty

# OpenAlex：开放元数据和引用信息
paper-search search "open science metadata" --platform openalex --max-results 5 --pretty

# PubMed：生物医学文献
paper-search search "clinical trial methodology" --platform pubmed --max-results 5 --pretty

# arXiv：预印本
paper-search search "large language model evaluation" --platform arxiv --max-results 5 --pretty

# Semantic Scholar：查相关论文，返回论文列表、摘要、引用、DOI 等信息
paper-search search "graph neural networks" --platform semantic --max-results 5 --pretty

# Semantic Scholar snippets：查论文正文里的片段
paper-search run search_semantic_snippets \
  --arg query="statistical model validation methods" \
  --arg limit=5 \
  --arg fieldsOfStudy=Computer Science \
  --pretty

# PMC / Europe PMC / CORE：开放全文和开放仓储来源
paper-search run search_pmc --arg query="research reproducibility" --arg maxResults=5 --pretty
paper-search run search_europepmc --arg query="data sharing policy" --arg maxResults=5 --pretty
paper-search run search_core --arg query="open access repositories" --arg maxResults=5 --pretty

查看工具列表：

paper-search tools --pretty

查看平台状态：

paper-search status --pretty

诊断 API key：

paper-search diagnostics --pretty

API key 说明

不配置 key 也能用免费来源，像 Crossref、OpenAlex、arXiv、PubMed 这些来源的信息。

如果想体验完整一点，建议先配置：

配置 作用 SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY 正文片段检索、提升 Semantic Scholar 稳定性 CORE_API_KEY CORE 开放仓储检索，减少匿名限流 UNPAYWALL_EMAIL DOI 开放获取 PDF 解析 CROSSREF_MAILTO Crossref polite pool

申请入口：

配置 入口 说明 SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY Semantic Scholar API 正文片段检索需要它，好用，用edu邮箱注册申请都可以通过。 CORE_API_KEY CORE API 建议配置，匿名访问容易限流。 UNPAYWALL_EMAIL Unpaywall API 不需要申请 key，填自己的邮箱即可。 CROSSREF_MAILTO Crossref REST API 不需要申请 key，填自己的邮箱即可。 PUBMED_API_KEY NCBI API Keys 高频使用 PubMed 时再配，一般不需要。 WOS_API_KEY Clarivate Developer Portal 需要 Web of Science API 权限。 ELSEVIER_API_KEY Elsevier Developer Portal Scopus / ScienceDirect 需要有权限。 SPRINGER_API_KEY Springer Nature Developers Springer 检索和开放获取接口使用。 WILEY_TDM_TOKEN Wiley Text and Data Mining Wiley TDM 下载需要对应权限。

直接运行：

paper-search setup

如果想配置全部平台：

paper-search setup --all

Skill 配置

仓库里也放了一个可选的 agent skill，只是告诉 agent 什么时候该调用 paper-search、应该选哪个平台、如何处理 DOI / PDF / 正文片段检索。真正执行的仍然是 CLI：

skills/paper-search/SKILL.md

最后，希望有需要的佬友可以帮我点个star，我也是第一次做，有问题多多帮我提意见 。

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